本局設下列組、室：
一、園區發展組，分三科辦事。
二、開發營建組，分三科辦事。
三、投資服務組，分三科辦事。
四、營運管理組，分三科辦事。
五、環安勞動組，分三科辦事。
六、秘書室，分二科辦事。
七、人事室。
八、政風室。
九、主計室。