本分署掌理下列事項：
一、多元水資源之調查、系統分析、研究、開發利用及規劃。
二、河川海岸治理、區域排水之調查及規劃。
三、河川區域、海堤區域、排水設施範圍之圖籍製作及建檔維護。
四、水文觀測站網與地下水觀測站網之規劃及建置。
五、水工模型及大地之調查試驗。
六、國內外水利技術之交流及教育訓練。
七、其他有關水利規劃事項。