本部設下列司、處：
一、綜合規劃司，分六科辦事。
二、產業技術司，分六科辦事。
三、投資促進司，分四科辦事。
四、投資審議司，分四科辦事。
五、國營事業管理司，分七科辦事。
六、經濟法制司，分六科辦事。
七、秘書處，分五科辦事。
八、人事處，分四科辦事。
九、政風處，分三科辦事。
十、會計處，分五科辦事。
十一、統計處，分三科辦事。
十二、資訊處，分四科辦事。