工業區組分三科辦事，其職掌如下：
一、開發更新科：工業區發展策略之研擬及推動，工業區編定及廢止編定之審查，工業區開發工程之規劃、設計、施工之督導及驗收，民間申請開發工業區開發計畫審查及輔導事宜，工業區更新計畫之研擬及推動，工業專用港之設置、規劃、設計、施工督導及經營管理，工業區環評追蹤考核等事項。
二、產業用地科：工業區土地行銷策略之研擬及推動，工業區土地取得，工業區開發成本之認定，工業區土地及建築物等租售價格之審定，工業區土地及建築物租售事宜，工業區土地及建築物產權移轉證明書之核發，工業區開發成本之查核及結算，工業區用地變更規劃審查，工業用地毗連土地變更之審查等事項。
三、管理服務科：工業區管理制度之研擬及推動，工業區一元化服務之研擬及推動，工業區管理機構或公共設施委託民間經營管理之推動，工業區管理機構業務之訂定及督導，工業區公共設施維護管理，工業區一般公共設施維護費、污水處理系統使用費及特定設施使用費費率之審核，工業區工安及天然災害之緊急通報體系及其應變措施之建置、執行及督導，工業區相關法令之擬訂修正等事項。