會計室掌理下列事項：
一、關於本處單位預算之彙編及所屬各分處單位預算之審核事項。
二、關於本處作業基金預算之彙編及其附屬單位預算之審核事項。
三、關於本處預算分配之彙編、所屬各分處預算分配之審核及預算分配之修正事項。
四、關於本處收支帳簿之登錄、結算與會計報告之彙編及所屬各分處會計報告之審核事項。
五、關於本處工作計畫及預算執行績效報告之審編事項。
六、關於本處及所屬單位預算依法流用及保留之申請事項。
七、關於本處內部審核之執行事項。
八、關於本處收支憑證之審核及支票之核簽事項。
九、關於本處現金及財務出納保管之檢查事項。
十、關於本處業務收支與資本支出計畫之預算執行進度及經費配合之審核事項。
十一、關於本處單位決算之彙編及所屬各分處單位決算之審核事項。
十二、關於本處及所屬單位作業基金決算之彙編審核事項。
十三、關於本處採購、變賣財物案件之審核與其招標、比價、議價、訂約、驗收、驗交、報損及報廢之監辦事項。
十四、關於本處財務上增進效能與減少不經濟支出之研究及建議事項。
十五、關於本處及所屬單位籌劃作業預算所需事實之調查與經營上增進效能之研究報告及建議事項。
十六、關於本處及所屬單位資金運用之監督考核事項。
十七、關於本處及所屬單位營運服務成本計算基礎及勞務費率計算公式之審核事項。
十八、關於本處會計制度與程序之設計及修訂事項。
十九、關於本處及所屬單位統計資料之蒐集及統計月報之編製事項。
二十、關於加工出口區區內事業重要資料快報及公民營企業調查統計之核轉事項。