第一組掌理下列事項：
一、財務科：
（一）關於加工出口區建設及推展業務所需財務計畫之編擬事項。
（二）關於本處及所屬單位所需業務資金之支配籌劃及調度事項。
（三）關於本處及所屬單位年度現金收支預算之編製事項。
（四）關於本處及所屬單位需用貸款之洽借、契約之簽訂及還本付息事項。
（五）關於本處及所屬單位管理費收費標準之擬訂、管理費規費及服務費收費標準報核事項。
（六）關於辦理本處作業基金運用之行政協調及財務事項。
（七）關於本處及所屬單位各項收入之統計分析及代收款項之報核事項。
（八）關於本處及所屬單位財產之彙編及產權憑證保管事項。
（九）關於本處財務法案及財務報告之編審分析事項。
（十）關於所在區區內事業應繳管理費之核算、發單及繳納稽核事項。
二、企劃管考科：
（一）關於加工出口區近程、中程及長程發展目標，主要策略與營運計畫之企劃推動及考核事項。
（二）關於加工出口區投資環境改善與重大業務革新之策劃推動事項。
（三）關於施政與研究計畫之擬訂、管制考核及評估事項。
（四）關於部務會議報告及管制資料之彙整事項。
（五）關於立法院會期施政報告及質詢案之答覆事項。
（六）關於立法委員與監察委員之巡察報告會議紀錄及答覆事項。
（七）關於業務會報重要決議及指（裁）示之追蹤查證事項。
（八）關於本處各單位工作手冊之彙編及工作簡化業務之推行事項。
（九）關於本處重要工作項目、申請案件與陳情案件之彙整統計及管考事項。
（十）關於為民服務工作推動及考核事項。
三、作業資訊科：
（一）關於作業單位業務推展與服務加強策劃事項。
（二）關於作業單位計畫之審核及執行考核事項。
（三）關於作業單位年度業務考核事項。
（四）關於作業單位管理規章之審核事項。
（五）關於作業單位業務資料統計分析彙編事項。
（六）關於區內貨品運送人承運認可事項。
（七）關於本處各資訊系統之整體規劃、協調及推動事項。
（八）關於本處及所屬單位各項應用系統之規劃、設計與整合及系統測試、運作、維護與管理等事項。
（九）關於本處及所屬單位電腦硬體與系統軟體作業之可行性評估及建議事項。
（十）關於與本部資訊中心及其他有關機關間之資訊網路連接與資訊交換協調事項。