第二組掌理下列事項：
一、規劃設計科：
（一）關於加工出口區各項土木、建築與公共設施維護工程之規劃、設計及審核事項。
（二）關於加工出口區各項土木、建築與公共設施維護工程預算書之編製事項。
（三）關於加工出口區各項公共設施配置規劃之建議事項。
（四）其他有關土木、建築與公共設施工程之規劃事項。
二、工務科：
（一）關於加工出口區各項土木、建築與公共設施維護工程之監造及施工督導事項。
（二）關於加工出口區各項土木、建築與公共設施維護工程之招標及訂約事項。
（三）關於加工出口區各項土木、建築與公共設施維護工程之估驗及計價事項。
（四）關於加工出口區各項土木、建築與公共設施維護工程之完工決算事項。
（五）關於所在區公共設施檢查及維護事項。
（六）關於本處辦公廳舍土木工程修繕事項。
（七）關於所在區道路挖掘許可事項。
（八）其他有關土木、建築與公共設施工程之工務事項。
三、建管地政科：
（一）關於加工出口區建築管理與土地行政法規之研擬及解答事項。
（二）關於加工出口區土地開發計畫之研擬事項。
（三）關於加工出口區土地開發計畫審議事項。
（四）關於加工出口區土地取得與管理事項。
（五）關於加工出口區與都市計畫、縣市綜合發展計畫、區域計畫相關業務之建議及協調事項。
（六）關於所在區建築物徵購及拆遷補償事項。
（七）關於所在區土地租用及核配訂約事項。
（八）關於所在區土地租金與公共設施建設費計收標準之擬訂及調整事項。
（九）關於所在區土地租金與公共設施建設費之繳付稽催事項。
（十）關於所在區土地使用管制事項。