第三組掌理下列事項
一、投資科：
（一）關於加工出口區區內事業申請設立、合併、增資、減資、撤資及變更投資計畫之會同有關機關審查核定及其他有關投資案件之處理事項。
（二）關於加工出口區投資招商計畫及推展事項。
（三）關於加工出口區投資法令之研擬及解答事項。
（四）關於加工出口區投資案件之統計分析及調查考核事項。
（五）關於加工出口區華僑及外國人投資額之審定事項。
（六）關於所在區區內事業投資人之徵信調查事項。
（七）關於所在區區內事業廢品下腳處理之查驗及核准事項。
（八）關於所在區區內事業減徵、免徵及緩徵營利事業所得稅有關證明核發事項。
（九）關於所在區區內事業聘僱外國專門性、技術性工作人員與僑外事業主管許可、管理及申請延長停留證明核發事項。
（十）關於所在區各目的事業單位之聯繫事項。
二、外貿科：
（一）關於加工出口區外匯貿易發展與業務推進之研議規劃事項。
（二）關於加工出口區外匯貿易法令之研擬解答事項。
（三）關於加工出口區外匯貿易之統計分析事項。
（四）關於加工出口區外匯貿易重要措施之研議、協調及聯繫事項。
（五）關於加工出口區區內事業外匯貿易重大申請案件之核轉事項。
（六）關於所在區區內事業貨品輸出入審核簽證事項。
（七）關於所在區區內事業免稅貨品出區處理之核准與管理事項。
（八）關於所在區出進口廠商登記之審查及登記卡之核發事項。
（九）關於所在區區內事業免稅貨品之稽核追蹤及帳冊稽查事項。
（十）關於所在區區內事業高科技貨品輸出之審核簽證、輸入證明文件之核發及流向稽查事項。
三、工商科：
（一）關於加工出口區工商管理法令之研擬及解答事項。
（二）關於加工出口區工商資料之統計及彙編事項。
（三）關於所在區公司登記之審查及執照之核發事項。
（四）關於所在區營利事業登記之審查及執照之核發事項。
（五）關於所在區工廠登記之審查及執照之核發事項。
（六）關於其他應經許可登記之審查及執照之核發事項。
（七）關於所在區在區內設有營業或聯絡處所事業之審查及發證事項。
（八）關於所在區在區內設有營業或聯絡處所事業管理費之繳付稽催事項。
（九）關於所在區動產擔保交易之審查登記事項。
（十）關於所在區區內事業年度決算財務報表之核轉事項。