配合高雄港口及高雄國際機場輸出與輸入商品檢驗業務需要，本分局設高雄港第二港口及高雄國際機場辦事處，各置綜理業務主管一人，由本分局正式編制人員派兼，承分局長之命辦理有關報驗發證及檢驗事項，其所需人員由法定編制員額內調配。