第四課置課長一人，掌理下列事項：
一、生鮮、乾製、冷凍、冷藏等農、畜、水產品及其加工調製食品類檢驗之推行及管理事項。
二、輸出與輸入生鮮、乾製、冷凍、冷藏等農、畜、水產品及其加工調製食品類之檢驗及技術服務事項。
三、生鮮、乾製、冷凍、冷藏等農、畜、水產品及其加工調製食品類委託試驗及特約檢驗執行事項。
四、配合總局執行品質保證制度、環境管理系統暨國際合作業務。
五、生鮮、乾製、冷凍、冷藏等農、畜、水產品及其加工調製食品類驗證體系及產品標誌之推行事項。
六、生鮮、乾製、冷凍、冷藏等農、畜、水產品及其加工調製食品類正字標記品管評鑑及產品檢驗等工作相關事項。
七、我國遠洋漁船漁獲物之衛生管理符合性評鑑、追查等執行事項。
八、本課主管業務之法規、作業程序、標準、訓練及方法之研究改進，蒐集與建議事項。
九、儀器、設備、藥品、器材之籌劃與管理維護等事項。
十、本課主管業務疑義、免驗查詢等事項。
十一、本課主管之工作計畫、報告、表報、文稿之撰擬、收發登記事項。
十二、其他臨時交辦事項。