石門水庫管理中心職掌如下：
一、石門水庫防洪運轉及各標的用水運用之執行事項。
二、石門水庫集水區水文氣象觀測及警報系統設施之檢查維護事項。
三、石門水庫蓄水範圍使用管理事項。
四、石門水庫觀光業務及觀光設施之管理維護事項。
五、石門水庫環境綠美化及花木栽培維護管理事項。
六、其他臨時交辦事項。