寶山第二水庫管理中心職掌如下：
一、寶山第二水庫防洪運轉及各標的用水運用之執行事項。
二、寶山第二水庫集水區水文觀測及警報系統設施之檢查維護事項。
三、寶山第二水庫蓄水範圍使用管理事項。
四、寶山第二水庫集水區治理事項。
五、寶山第二水庫集水區緊急應變處理事項。
六、寶山第二水庫週邊工程結構物之觀測、安全檢查及維護事項。
七、隆恩堰及上坪堰之營運管理及維護事項。
八、其他臨時交辦事項。