本局局長綜理局務，副局長襄理局務，並設下列各課、室、水庫管理中心：
一、計畫課。
二、品管課。
三、工務課。
四、保育課。
五、養護課。
六、經管課。
七、資產課。
八、石門水庫管理中心。
九、寶山第二水庫管理中心。
十、秘書室。
十一、人事室。
十二、會計室。
十三、政風室。