保育課職掌如下：
一、水庫保護帶經營及維護治理等事項。
二、水資源公害糾紛處理事項。
三、水庫水源水質保護及環境保護事項。
四、各標的水資源污染處理及防治事項。
五、水庫保護帶災害緊急應變處理事項。
六、水庫防砂治理事項。
七、其他臨時交辦事項。