水利行政組職掌如下：
一、水利法、溫泉法、自來水法及其相關法規命令、行政規則之審訂及公（發）布相關法制作業事宜。
二、水利相關訴願、國家賠償、契約與業務行政涉及法令相關案件之協助及彙辦。
三、水權管理制度、規範與計畫之擬訂、推動及督導。
四、鑿井業務管理。
五、水利建造物建造、改造及拆除之辦理。
六、海堤與排水管理制度、規範與計畫之擬訂、推動及督導。
七、河川管理制度、規範與計畫之擬訂、推動及督導。
八、河川、排水與海堤除休閒場地以外空間，使用管理之推廣及督導。