水利防災中心職掌如下：
一、水（旱）災災害防救業務計畫及制度之擬定。
二、災害防救相關會議提案與業務處理與水（旱）災災害彙報。
三、水利災害緊急應變體系建立與水利防救災教育訓練及防汛（旱）演練之督導。
四、國家型防災科技研究計畫之推動及執行。
五、所屬單位與縣市政府辦理防汛（旱）器材檢查及整備之督導。
六、水利防災預警報軟硬體系統建置及維護。
七、震災及其他災害應變之相關業務彙辦。