本署署長綜理署務，副署長襄理署務，並設下列各組、室、水利防災中心、河川勘測隊（其組織架構圖如附件）：
一、綜合企劃組。
二、水文技術組。
三、水源經營組。
四、河川海岸組。
五、保育事業組。
六、工程事務組。
七、水利行政組。
八、土地管理組。
九、資訊室。
十、秘書室。
十一、人事室。
十二、會計室。
十三、政風室。
十四、水利防災中心。
十五、河川勘測隊。