水源經營組職掌如下：
一、水資源經理計畫及區域水資源計畫之研擬。
二、區域水資源調度與開發策略之企劃、水資源規劃作業之督導及規範之研擬。
三、水資源開發計畫與環評計畫之提報及推動。
四、水資源開發工程計畫之審核、督導及推動。
五、水資源工程技術規範之擬訂。
六、引水、蓄水建造物檢查及安全評估技術規範擬訂之督導。
七、政府投資自來水事業計畫之審核及經費籌編。
八、水資源作業基金幕僚作業。
九、水資源作業基金所轄水庫堰壩營運管理之督導。
十、環境影響評估及非都市土地開發作業規定之用水計畫審議。
十一、水資源情勢分析、調度、協調及用水糾紛之處理。
十二、水庫蓄水範圍之審核、公告及使用管理之督導。
十三、引水、蓄水建造物操作、管理之督導。
十四、灌溉事業之督導及管理。