保育事業組職掌如下：
一、水庫蓄水範圍之保育治理、水源涵養、環境生態維護及涉及水庫集水區相關協調事項。
二、節約用水措施與省水事業之輔導及推動。
三、自來水法、溫泉法及其相關法規之研擬。
四、自來水事業與溫泉事業政策、組織、制度及其他相關事項之推動及督導。
五、自來水承裝業登記管理之相關業務。
六、自來水水質水量保護區公告、禁止與限制事項之審議及督導。
七、自來水水源水質水量保護區保育回饋補償之推動及督導。
八、自來水水價及離島自來水差價之審議。