工程事務組職掌如下：
一、工程招標、訂約、變更設計、驗收與決算相關工務之處理及督導。
二、工程履約爭議之處理。
三、工程進度管控、工法研擬、工程糾紛處理、工資工率訂定與施工規範建置及修正。
四、施工品質管制督導、施工品質與工程材料檢驗、工程督導與配合工程施工查核、內部品質稽核及實驗室認證之推動與執行。
五、環境監測追蹤考核、工程勞安、環保督導，環評案件審議意見及環境敏感區位查詢案件之彙辦。
六、水利維護役之相關業務。