水質課職掌如下：
一、環境改善維護事項。
二、河川水量之觀測分析事項。
三、水質污染防治計畫之擬訂及執行。
四、水質監視網之規劃與設立及水質檢驗分析。
五、違反水污染防治法、廢棄物清理法、自來水法、水利法、下水道法、飲用水管理條例、臺北水源特定區土地使用管制要點並有礙水源水質水量保護行為之查報取締及處理。
六、下水道計畫之擬訂與執行及系統設施操作維護。
七、納入公共下水道接管申請案件之設計圖說審查、竣工查驗及專用下水道之納管總量管制。
八、公共下水道之緊急應變處理事項。
九、其他臨時交辦事項。