養護課職掌如下：
一、水庫（壩、堰）中長程及年度管理施政計畫之研訂、修正與列管事項。
二、水庫安全評估之執行事項。
三、水庫（壩、堰）蓄水範圍使用管理之督辦事項。
四、水庫（壩、堰）設施檢查、設施維護、改善及清淤之督辦事項。
五、水庫（壩、堰）水門操作規定修訂及水庫（壩、堰）安全資料與安全維護手冊修訂之督辦事項。
六、水庫（壩、堰）安全防護及整備之督辦事項。
七、水庫（壩、堰）綠地認養之督辦事項。
八、水庫（壩、堰）水力發電計畫之研訂及推動事項。
九、水庫（壩、堰）集水區緊急治理之督辦事項。
十、水資源作業基金年度預算之初審分配及執行控管事項。
十一、水資源作業基金公益支出之督辦事項。
十二、轄區水庫蓄水範圍劃設之初審、勘定及彙辦事項。
十三、水庫（壩、堰）集水區經營管理配合辦理事項之彙辦事項。
十四、水庫（壩、堰）檢查評估及蓄水範圍管理維護之教育訓練事項。
十五、本局災害緊急應變小組作業事項。
十六、水利建造物審核事項。