水庫（壩、堰）管理中心職掌如下：
一、水庫（壩、堰）運用及水門操作之執行事項。
二、水庫（壩、堰）設施安全檢查執行事項。
三、水庫（壩、堰）蓄水範圍管理執行、水質監測及維護處理事項。
四、水庫（壩、堰）安全防護及整備執行事項。
五、水庫（壩、堰）設施維護改善、集水區緊急治理、蓄水範圍清淤、辦公廳舍維護改善之設計施工及決算事項。
六、所管設施與所辦工程之保固保證金繳退及責任解除事項。
七、辦公廳舍環境保全及清潔維護事項。
八、水庫（壩、堰）設施操作維護手冊、水庫（壩、堰）運用要點及水門操作規定之修訂事項。
九、水庫（壩、堰）安全資料與安全維護手冊建置及更新事項。
十、水庫（壩、堰）公益支出及綠地認養之執行事項。
十一、水庫（壩、堰）週邊及集水區民眾陳情案件之會勘處理事項。
十二、水庫集水區經營及治理配合事項之執行。
十三、水庫（壩、堰）災害緊急應變小組作業事項。