水文課職掌如下：
一、水文觀測與分析之策劃及推動事項。
二、水文資料蒐集與測站之建置及資料庫管理事項。
三、水權登記申請、異議、水權紛爭及違法取水案件之處理事項。
四、水權檔案與權狀管理及其他配合水權執行事項。
五、資訊系統與作業之策劃、推動及資訊系統之建置、安全管理與技術支援事項。
六、資訊設備之採購、驗收、管理及維護事項。
七、地理資訊系統規劃、開發與整合、建置及維護管理事項。
八、資訊與水文之研討及教育訓練事項。