品管課職掌如下：
一、水資源專案工程工務所之成立、督導及解編事項。
二、水資源專案工程廠商應提文件及人員之審查事項。
三、水資源專案工程監造計畫書之審查、核定、核轉、執行及變更設計相關事項。
四、水資源專案工程施工說明會及施工檢討會事項。
五、水資源專案工程施工品質及進度之控管。
六、水資源專案工程工地安全衛生、環境保護及監測事項。
七、水資源專案工程履約保證金退還、保固保證金繳退及解除保固責任事項。
八、水資源專案工程施工中用地處理及地方陳情處理事項。
九、水資源專案工程工區防汛應變事項。
十、水資源專案工程決算書編製事項。
十一、水資源專案工程竣工結案報告之撰寫事項。
十二、水資源專案工程完工移交事項。
十三、工程施工品質及施工技術教育訓練事項。