經管課職掌如下：
一、中長程水資源工程計畫規劃事項。
二、水資源調配規劃與成本效益經濟分析之研擬及執行事項。
三、水資源調配協調及緊急供水處理事項。
四、水資源調配管理系統之建置及管理事項。
五、水庫（壩、堰）運用要點修訂之督辦事項。
六、本局水庫（壩、堰）經營管理效益檢討之督辦事項。
七、本局水庫（壩、堰）水權申辦事項。
八、本局水庫水質監測督辦及毒性化學性質災害緊急應變之幕僚作業事項。
九、水資源作業基金設施使用費之收取事項。
十、用水計畫書審查事項。
十一、水庫集水區及保護區之查詢處理事項。
十二、水資源調配及工程規劃之教育訓練事項。
十三、本局圖書管理及政府出版品管理事項。
十四、本局年報編輯事項。