本所所長綜理所務，副所長襄理所務，並設下列各課室：
一、灌排規劃課。
二、河川規劃課。
三、水資源規劃課。
四、水工試驗課。
五、大地工程試驗課。
六、秘書室。
七、人事室。
八、會計室。
九、政風室。