水資源規劃課職掌如下：
一、全國水資源調查及規劃事項。
二、全國各河川、水路及水文系統分析事項。
三、水資源開發計畫之調查、規劃及研究工作。
四、水資源規劃技術之策劃、研究及改進事項。
五、水資源統籌調配規劃及研究工作。
六、各標的用水基本資料統計工作。
七、水庫集水區保育治理規劃及研究工作。
八、旱災防救方案之規劃及研究工作。
九、水源水質檢驗分析研究工作。
十、其他臨時交辦事項。