水工試驗課職掌如下：
一、水工結構物之物理與數學模型之試驗及研究事項。
二、水文、水理儀器檢定試驗事項。
三、中長期河道治理、水庫防淤、水工構造物保護工法之試驗及研究事項。
四、水利、環保生態功能水工構造物功能調查及技術開發研究事項。
五、其他臨時交辦事項。