總工程司權責如下：
一、重大工程之策劃及工程計畫之審議。
二、重要工程設計圖之審定及規範手冊之訂定。
三、公共建設計畫之審議、督導及考核。
四、重要工程部門文稿之綜核及代判。
五、工程部門機密及重要文件之處理。
六、工程部門各單位之協調及權責問題之核議。
七、其他工程技術督導及交辦事項。