本署設下列組、室：
一、綜合企劃組，分四科辦事。
二、水源經營組，分五科辦事。
三、河川海岸組，分五科辦事。
四、水利行政組，分四科辦事。
五、保育事業組，分四科辦事。
六、水文技術組，分三科辦事。
七、水利防災組，分三科辦事。
八、工程事務組，分四科辦事。
九、土地管理組，分三科辦事。
十、秘書室，分四科辦事。
十一、人事室，分三科辦事。
十二、政風室。
十三、主計室，分三科辦事。
十四、資訊室。