水源經營組掌理事項如下：
一、水資源經理基本計畫之策劃、擬訂、推動及督導。
二、水資源、自來水工程計畫之擬訂、推動及督導。
三、水資源作業基金制度、規範之擬訂與收支運用之審核及督導。
四、引水、蓄水建造物檢查、安全評估與水庫整備維護計畫之推動及督導。
五、水庫蓄水範圍之許可及管理。
六、用水計畫之審議、查核及督導。
七、全國水資源情勢分析、各標的用水調度、協調及用水爭議之協調。
八、再生水資源發展條例與其相關法規之制（訂）定、修正及解釋之擬議；再生水供需媒合、多元水資源開發利用制度之擬訂、推動及督導。
九、水權管理制度、規範與計畫之擬訂、推動及督導。
十、其他有關水源經營事項。