計畫科掌理事項如下：
一、水資源之調查、規劃、計畫擬訂及工程設計。
二、水資源相關研究之分析及彙整。
三、施政計畫、中長程施政計畫及特定案件之管制考核。
四、內部風險之控制。
五、委託服務計畫綜合業務之處理。
六、資訊系統、資訊安全與資訊設備之規劃、建置、管理及維護。
七、專業訓練、技術性書刊之出版及技術性法規之擬訂。
八、其他有關計畫事項。