水環科掌理事項如下：
一、水庫蓄水範圍之保育及治理。
二、水庫水質之調查檢測及污染防治。
三、水庫泥砂之監測及濁度應變事項。
四、保育回饋與公益支出之推動及查核。
五、水源保育社區之輔導及推廣。
六、環境教育場所之建置及教育訓練之推動。
七、其他有關水環境事項。