養護科掌理事項如下：
一、水庫安全之檢查及評估。
二、水庫設施之安全監測、維護及更新改善之督導。
三、區域水庫蓄水範圍之初審及現勘。
四、轄管水庫蓄水範圍使用管理之督導。
五、水庫清淤之督導。
六、緊急應變之處理及督導。
七、公益支出之推動及查核。
八、水資源作業基金預算之控管。
九、水庫整備演練綜合事項之處理。
十、其他有關養護事項。