各水庫管理中心掌理事項如下：
一、水庫之營運管理。
二、水庫設施之安全監測、維護、更新改善及整備。
三、水庫蓄水範圍之使用管理、水庫水質之調查檢測及污染防治、水庫泥砂之監測及濁度應變事項。
四、水庫蓄水範圍之保育與治理及水庫清淤之執行。
五、水庫運用及水門操作相關規定之訂修。
六、水庫之緊急應變作業。
七、園區之使用維護及環境教育之推廣。
八、其他有關水庫管理事項。