多元水資源管理中心掌理事項如下：
一、海水淡化廠與新興水資源設施之興建、營運及管理。
二、海水淡化廠與新興水資源之維護及更新改善。
三、海淡水與新興水資源之水質與水量監測及異常排除。
四、海淡水與新興水資源供應契約之訂定及收費。
五、海水淡化廠與新興水資源之緊急應變作業。
六、民眾陳情案件之會勘處理。
七、其他有關多元水資源事項。