本分署設下列科、室、中心：
一、計畫科。
二、品管科。
三、工務科。
四、水文科。
五、經管科。
六、養護科。
七、資產科。
八、秘書室。
九、人事室。
十、政風室。
十一、主計室。
十二、曾文水庫管理中心。
十三、阿公店水庫管理中心。
十四、牡丹水庫管理中心。
十五、高屏溪攔河堰管理中心。
十六、甲仙攔河堰管理中心。
十七、多元水資源管理中心。