員山子分洪管理中心掌理事項如下：
一、分洪設施之運轉、排砂道閘門之操作及資訊系統之管理。
二、分洪隧道結構與附屬構造物設施安全檢查及評估之執行。
三、分洪設施範圍之管理執行及環境維護處理。
四、分洪隧道與附屬設施之安全防護及整備執行。
五、警報系統之研訂與維護、執行及緊急應變之處理。
六、分洪隧道與附屬設施之維護改善、清淤處理及設備更新。
七、進水口邊坡、隧道結構及出水口邊坡之安全監測。
八、中心辦公廳舍之維護改善、環境保全及清潔維護。
九、其他有關員山子分洪管理事項。