企劃科掌理事項如下：
一、中長程計畫之研擬、評估及管考。
二、年度施政計畫之研擬、績效檢討及管考。
三、水文水質之監測及出版品之彙編。
四、非點源污染削減措施及工程之推動。
五、資訊作業之規劃、管理及維護。
六、防汛整備及應變綜合業務之處理。
七、環境教育之推廣及宣導。
八、其他有關企劃事項。