水質科掌理事項如下：
一、公共污水下水道計畫之擬訂及工程建設。
二、公共污水下水道系統設施之操作及維護。
三、納入公共污水下水道接管申請案件之設計圖說審查及竣工查驗。
四、專用污水下水道之納管總量管制與相關申請案件之審查及竣工查驗。
五、公共污水下水道之緊急應變處理。
六、環境改善維護之執行。
七、其他有關水質事項。