依第二十八條之五第五項及前條規定經直轄市、縣（市）主管機關核准登記之特定工廠，每年應繳交營運管理金，至取得土地及建築物合法使用之證明文件為止。屆期未繳交營運管理金者，直轄市、縣（市）主管機關應廢止其特定工廠登記。

依前項及第二十八條之五第二項規定收取之營運管理金及納管輔導金應專用於未登記工廠之管理、輔導及周邊公共設施改善，並優先運用於廢（污）水處理及排放機制、空氣污染之改善；直轄市、縣（市）主管機關得成立基金，其基金之管理應報請中央主管機關備查。

本章有關低污染之認定基準、第二十八條之五第一項、第四項、第五項及前條規定之申請條件、程序、直轄市、縣（市）主管機關審查程序、基準、核定工廠改善計畫得附加負擔之事項、改善情形之查核、展延改善完成之期限、第二十八條之五第三項第四款之規定事項、第一項營運管理金與第二十八條之五第二項納管輔導金之數額、繳交程序及其他相關事項之辦法，由中央主管機關會商有關機關定之。

直轄市、縣（市）主管機關得委任或委託相關機關（構）、法人或團體辦理未登記工廠管理、輔導及特定工廠登記相關業務。