船舶入港，應於到達二十四小時前，出港應於發航十二小時前，由船舶所有人或其代理人，檢附書面文件，或以電子資料傳送港埠網路系統之方式申請；經中央主管機關同意後，由港口信號臺依公民營事業排定之船席通知，始得為之。但船舶因緊急公務或特殊情形者，不在此限。

船舶申請入港或出港，由船舶所有人或其代理人依有關法令之規定，向各有關機關辦理入出港手續；如有違反相關法令規定，遭禁止入出港時，各有關機關應通報中央主管機關及公民營事業。

船舶出港經各有關機關查驗完畢後，應即出港，不得停留船席或滯留港內。