依本辦法規定申請研究發展支出適用加倍減除應課稅所得額之我國個人、公司或有限合夥事業，其當年度申報之研究發展支出，經稅捐稽徵機關查明有虛報情事者，依所得稅法有關逃漏稅處罰及稅捐稽徵法有關停止其享受獎勵待遇之規定處理。