執行單位執行學界科技專案有下列各款情形之一者，本部得停止撥付次期款，並追回補助款：
一、經費挪移他用。
二、無正當理由停止計畫工作或進度嚴重落後。
三、執行項目與契約內容不符。
四、其他違反法令或契約之情事。

執行單位違反前項規定且情節重大者，本部得終止或解除契約，三年內不再受理其申請學界科技專案。

執行單位於政府審監單位查核後，經本部要求改善而不予改善者，本部得減少或停止撥付經費、終止或解除契約。