第二條第一項第一款第二目所定研究與發展費用及總營業收入淨額，以稅捐稽徵機關核定之營利事業所得稅結算申報書之數額為準；其於申請審定時尚未經稅捐稽徵機關核定者，以申報數為準。

第二條第一項第二款第二目所定機器設備金額，以營利事業所得稅結算申報書財產目錄所載專供從事本條例第四條第一項第二款第二目製程之數額為準，並應檢具相關佐證資料。

前條第二項所定生技醫藥公司於審定函有效期間內，每年度研究與發展費用、專職研究發展人員或專供符合本條例第四條第一項第二款第二目開發製造製程之自有機器設備金額、專職研究發展人員及專職製造人員應符合第二條第一項第一款第二目、第三目或第二款第二目、第三目所定比率及人數之認定方式如下：
一、第二條第一項第一款第二目及第二款第二目所定比率，應以審定函有效期間內各該年度之研究與發展費用或專供符合本條例第四條第一項第二款第二目開發製造製程之自有機器設備金額占同一年度總營業收入淨額或實收資本額之比率認定，實收資本額並依當年度實收資本額之期初餘額及期末餘額平均計算；年度中如有減資情形，除減資彌補虧損外，其餘減資數額應自該期末餘額加回。
二、第二條第一項第一款第三目及第二款第三目所定專職研究發展人員及專職製造人員之人數，依每月平均之專職研究發展人員及專職製造人員之人數認定。