生技醫藥公司投資之全新機械、設備或系統，其安裝地點，以生技醫藥公司自有或承租之生產場所或營業處所為限。但因行業特性須安裝於特定處所，不在此限。

前項安裝地點如有變動，生技醫藥公司應自行向稅捐稽徵機關申請備查。

依本辦法申請抵減營利事業所得稅之機械、設備或系統，於交貨之次日起三年內，有轉借、出租、轉售、退貨、拍賣、報廢、失竊、經他人依法收回、安裝地點不符合前二項規定或變更原使用目的之情形，已核定尚未抵減之投資金額，不得抵減；已抵減之投資金額，應向稅捐稽徵機關補繳已抵減之所得稅款，並自抵減各該年度營利事業所得稅結算申報屆滿之次日起至繳納日止，依各年度一月一日郵政儲金一年期定期儲金固定利率，按日加計利息，一併繳納。但報廢係因震災、風災、水災、旱災、寒害、火災、土石流、海嘯、瘟疫、蟲災、戰爭、核災、氣爆，或其他不可預見、不可避免且非屬人力所能抗拒之不可抗力之災害或事件所致者，不在此限。

前項因不可抗力之災害或事件而報廢之機械、設備或系統，生技醫藥公司應於災害發生後之次日起三十日內，檢具損失清單及證明文件，報請稅捐稽徵機關派員勘查；其未依規定報請稅捐稽徵機關派員勘查，而能提出確實證據證明其損失屬實者，仍得檢具相關證明文件，向稅捐稽徵機關申請核實認定。

生技醫藥公司依企業併購法規定辦理合併、分割或收購並符合同法第四十二條規定者，其移轉該等機械、設備或系統，不適用第三項補繳所得稅款及加計利息之規定。

有下列情形之一者，應由稅捐稽徵機關追繳生技醫藥公司已依本辦法規定抵減之稅額，並自抵減各該年度營利事業所得稅結算申報期間屆滿之次日起至繳納日止，依各年度一月一日郵政儲金一年期定期儲金固定利率，按日加計利息，一併徵收：
一、依生技醫藥公司審定辦法第四條第三項規定撤銷審定函，自始不得投資抵減。
二、依生技醫藥公司審定辦法第四條第三項規定廢止審定函，自不符合該辦法第二條第一項第一款或第二款各目情形之一之年度起不得投資抵減。