生技醫藥公司投資計畫之試驗項目應符合藥事法、農藥管理法、動物用藥品管理法、醫療器材管理法或其他相關法規規定；其設備安裝地點位於都市計畫地區者，應符合都市計畫法及都市土地使用分區管制之規定；位於非都市計畫地區者，應符合區域計畫法及非都市土地使用管制之規定。

生技醫藥公司依第七條第一項規定申請核發完成證明經核發完成證明機關否准，或依第八條第三項規定取具本部核復函，或未依第七條第一項規定期限申請核發完成證明，或未依第八條第三項規定通知本部者，應分別自否准函、核復函送達、第七條第一項規定六個月申請期限屆滿或第八條第三項規定六個月通知期限屆滿之次日起，於六個月內向所在地稅捐稽徵機關申請註銷個人股東投資自綜合所得總額減除證明書。

生技醫藥公司取得完成證明，屬新投資創立者，於設立登記之日起七年內；其屬增資擴充者，於增資變更登記之日起七年內，如有彌補虧損以外之減資行為，該減資部分不得適用第三條第一項規定租稅優惠，應由生技醫藥公司自公司減資變更登記之次日起六個月內，向所在地稅捐稽徵機關申請更正或註銷個人股東投資自綜合所得總額減除證明書。

生技醫藥公司有前二項規定之情事，且其個人股東已依第六條規定列報減除投資金額而有短繳稅款者，應向稅捐稽徵機關補繳，並自各該年度個人綜合所得稅結算申報期間屆滿之次日起至繳納日止，依各年度一月一日郵政儲金一年期定期儲金固定利率，按日加計利息，一併繳納。

生技醫藥公司個人股東未依前項規定補繳及加計利息者，應由稅捐稽徵機關追繳其短繳之稅款並依前項規定加計利息。

生技醫藥公司之個人股東取得個人股東投資自綜合所得總額減除證明書並依第三條第一項規定適用租稅優惠，生技醫藥公司有下列情形之一，其個人股東已依第六條規定列報減除投資金額而有短繳稅款者，應由稅捐稽徵機關追繳之，並自列報各該年度個人綜合所得稅結算申報期間屆滿之次日起至繳納日止，依各年度一月一日郵政儲金一年期定期儲金固定利率，按日加計利息，一併徵收：
一、生技醫藥公司經本部依生技醫藥公司審定辦法第四條第三項規定撤銷審定函者，自始不得適用第三條第一項規定租稅優惠。
二、生技醫藥公司經本部依生技醫藥公司審定辦法第四條第三項規定廢止審定函，個人股東於審定函失效後取得個人股東投資自綜合所得總額減除證明書者，自始不得適用第三條第一項規定租稅優惠。但生技醫藥公司於審定函失效前，取得生技醫藥投資計畫核准函且個人股東繼續持有該公司股票達三年者，該個人股東得適用本辦法規定租稅優惠。