受損企業執行改善調整計畫期間，中央目的事業主管機關得就其計畫執行情形進行追蹤查核，或要求其提出相關計畫執行報告。

受損企業無正當理由未配合前項追蹤管理或提出執行報告者，中央目的事業主管機關得通知其限期補正或改善，逾期不補正或改善或情節嚴重者，中央目的事業主管機關得廢止其補助資格，並追回其所獲補助款。

受損企業於執行改善調整計畫期間有嚴重違反環境保護、勞工或食品安全衛生相關法律之情事，並經中央目的事業主管機關認定情節重大者，中央目的事業主管機關得廢止其補助資格，並追回其所獲補助款。