本基金之收支、保管及運用，應設水資源作業基金管理會（以下簡稱本會），置委員十三人至十五人；其中一人為召集人，由本部部長或派員兼任；一人為副召集人，由本部派員兼任；其餘委員，由本部就有關機關（構）代表或學者、專家聘兼之。

本會每四個月開會一次，必要時得召開臨時會議，均由召集人召集之；召集人因事不能召集時，由副召集人代理；召集人、副召集人均因事不能出席時，由召集人指定委員一人代理。